从20世纪以来，在心理学上有两个大的派别，因此，在心理治疗方法上也有两个大的体系。这两个学派的历史背景、理论基础不同，采用的方法不同，其结果也不同。
这两个学派的疗法，一个叫精神分析疗法，其理论基础是弗洛伊德创建的心理动力学；继承和发展其理论和方法的著名学者是亚历山大和邓巴等。他们认为疾病是潜意识压抑的结果；主张通过内省的方式，以自由联想、精神疏泄和分析解释的方法，帮助病人彻底领悟，重新认识和改变原来的认识和行为模式。同一学派的学者，其观点和内容有很大的差异，说明其理论的定型是有很大变异的。其理论来自于临床，不能用实验来验证。这个学派对世界各国，特别是美国临床心理学家有极大的影响。精神分析疗法有许多学派，完全按照弗洛伊德的程序治疗者叫做经典精神分析疗法。现在临床上经常采用的简易精神疗法也来源于精神分析疗法体系。
心理治疗的另一个大的学派叫行为主义学派，许多行为疗法的理论基础是行为主义心理学。行为主义心理学的创始人是华生，他认为心理动力学派的学者们提出的“潜意识”、“压抑”等一些概念都是主观的想象和猜测，这种推断出来的心理活动是不能进行实验研究的。而心理学家研究的最适宜的对象应当是可以通过实验证明的行为。不同的条件和环境可以致病，通过学习改变不同条件和环境也可以预防和治疗疾病。发展其理论并形成许多种行为疗法的学者有艾森克、沃尔帕和斯金纳。斯金纳根据经典条件反射和操作条件反射学说和实验所累积的科学研究成果，经过自己实验室的研究，创造了学习理论；他们主张通过学习即通过操作条件训练来改变异常行为和内脏功能，从而达到防治疾病的目的。当代发展起来的生物反馈疗法，从其历史、理论基础上来看，也是建立在学习理论基础上的。
这个学派的理论基础比较统一，一切都要求通过实验取得成果而后在临床上验证。现代行为医学的形成和发展从根本上讲是来源于行为学派的理论、实验研究成果和临床实践。
为了更进一步地说明精神分析疗法和行为疗法的不同，以下引用英国著名临床心理学家艾森克所作的比较：
精神分析疗法与行为疗法的比较
精神分析疗法
行为疗法
在标准形式上没有适应的定型，缺乏统一的理论依据。
建立在可验证的基础上，定型化，基于一贯的理论。
未作必要的控制或实验，而从临床引伸出来。
为了验证其基础理论，制定设计，作实验。
认为症状是由潜意识（情结）造成的结果。
认为症状是不适应的条件反射。
认为症状是压抑的证据。
认为症状是错误学习的证据。
相信症候群是由防御机制决定的。
相信症候群是由环境条件与植物神经不安定性的个人差别决定的。
对于心理障碍的治疗必须全部基于生活史。
对于心理障碍的治疗，全部与现在的习惯有关联而与生活史无关。